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La pisciculture est souvent présentée comme une alternative à la surpêche (Par analogie avec l'élevage des animaux, la pêche peut être comparée à la chasse tandis que la pisciculture représente l'élevage d'un troupeau). En effet, il s'agit d'une méthode intensive de production de nourriture, les poissons provenant généralement de bassins de fécondation d'où sont issus les alevins, sont parfois nourris avec des granulés et sont prélevés une fois la taille désirée atteinte.
L'élevage de carpes et la riziculture[
Ce genre d'élevage est ancien, les Chinois déjà élevaient des carpes pour leurs couleurs vives[précision nécessaire]. Aujourd'hui, cela sert plutôt à l'alimentation. Une technique traditionnelle d'élevage de carpes en association avec la riziculture a fait l'objet d'études récentes, montrant qu'elle permettait d'utiliser 2/3 de pesticides en moins et 1/4 de fertilisants en moins 2. Les carpes permettent en effet de lutter efficacement contre la magnaporthe grisea, un champignon affectant le riz, ou d'autres parasites comme le rice planthopper (en)2. Par ailleurs, elles permettent de réguler la quantité d'azote et ainsi de faire un moindre usage des fertilisants2.
Inconvénients et limites[
• La concentration des poissons dans un espace restreint augmente fortement le risque d'épidémies et encourage les éleveurs à l'utilisation de traitements antibiotiques, ce qui favorise l'apparition et la circulation de souches de pathogènes antibiorésistantes.
• Certaines espèces de poissons d'élevage hybrides ou triploïdes (stériles) 3 ou des poissons transgéniques, s'ils s'enfuient dans la nature (fréquent lors des tempêtes ou inondations de piscicultures d'eaux douces) peuvent perturber la reproduction de leurs congénères sauvages ou sont sources de risques de pollution génétique (Ces poissons sont généralement beaucoup plus gros que leurs congénères au même âge, ce qui les avantage dans la compétition entre mâle et femelles au moment de reproduction.
• la surdensité de poissons qui caractérise la plupart des piscicultures est également source de pollution marine (ou des eaux douces), en aval, par les excréments des poissons, les restes de nourriture, les antibiotiques ou autres médicaments emportés par les eaux.
• Si les poissons sont nourris avec des protéines animales (farines de poissons sauvages), le rendement est faible (il faut dans ce cas plusieurs de kg de poissons pêchés en mer et transformés en farine pour nourrir un seul poisson d'élevage). Les farines de soja qui remplacent souvent ces protéines sont en amont cause de déforestation et pollution par les pesticides et les engrais.
• La pisciculture produit aussi chaque année des millions de poissons qui servent à ensemencer ou réensemencer des rivières, fleuves,canaux ou plans d'eau. Ce réempoissonnement pratiqué pour la pêche récréative ou pour « augmenter l’offre à la pêche sportive »4 ou de nombreux concours de pêche. cette activité est en Europe et Amérique du Nord source d'une importante pollution génétique et réduction de la diversité génétique5 et d'une homogénéisation génétique de certains salmonidés (truites en particulier).
L'ensemencement halieutique est aussi source de diffusion de parasites4.
Un dispositif alternatif est le DCP (dispositif de concentration du poisson), mais il peut aussi conduire à une surpêche et à la disparition de ressources via un effet de puits écologique.